
En esta ocasión el argumento de Yu-Gi-Oh! GX Duel Academy se basa en la primera temporada de la nueva serie, situándonos en una isla septentrional donde está ubicada la Academia de Duelos de Seto Kaiba, a la que van los 150 mejores duelistas del planeta a entrenarse para erigirse como el Campeón de Duelos.
La mecánica del título no varía respecto a los anteriores juegos de la saga: creamos un personaje y tenemos que ir venciendo duelos para adquirir dinero con el que comprar nuevas cartas y así mejorar nuestra baraja. No obstante Konami ha implantado suficientes novedades para que no parezca que estemos jugando a cualquiera de los numerosos títulos basados en el universo Yu-Gi-Oh!, haciendo que en conjunto éste sea uno de los mejores cartuchos de la saga en GBA.
Por ejemplo, al estar ahora en una Academia de Duelos, todo está regido por un horario muy estricto, con algunos eventos especiales y diferentes localizaciones en las que encontrar duelistas, cada una con un tipo de campo que afecta a los parámetros de algunas cartas. Al principio sólo contamos con seis ubicaciones pero a medida que superamos batallas se van desbloqueando algunas nuevas, desarrollándose así la historia del juego.


